使用封板膜的步驟如下：
準備封板膜。從自封袋中取出單張封板膜，並重新封好自封袋以保持無酶環境。保持底襯面朝上，握住封板膜，沿着切線處慢慢撕下底襯。
貼封板膜。如果使用單端標籤的封板膜，去除襯紙後將封板膜錨固到板上，使其密封在整個板上，然後繼續除去襯紙。對於兩個末端標籤的產品，應連續平滑地剝離中心襯紙，緩慢剝離內襯可以減少捲曲。注意不要接觸薄膜的粘合表面。
壓膜。使用壓膜板緩慢刮壓封板膜，使其全部密封到板上。如果沒有專用的壓膜板，可以使用邊緣光滑的卡片（如銀行卡或公交卡）代替。壓膜步驟應至少水平和垂直執行兩次，施加足夠的力以獲得良好的密封性。沿着孔板的所有外邊緣刮壓至少兩次，確保施加堅定而持續的壓力，孔間和邊緣部分也要進行壓膜。密封后，沿切線撕下接頭部分。
檢查。密封后仔細檢查平板，確認薄膜與板之間是否緊密貼牢。檢查每個孔周圍的粘貼痕跡，確保平板的整個表面（包括周邊）都被密封，以及膜上是否有液體。封板膜不應出現褶皺，如果出現皺紋，則說明板未正確密封。對於邊緣凸起的平板，應避免膜向上延伸到板的側壁上。在開始實驗前，將密封的平板放置至少10分鐘，以增加封板膜的粘合力。
以上步驟完成後，可以將封好的板轉移到PCR儀上開始實驗。