小分子碳在農業和生態系統中扮演著重要角色，具體作用如下：
改良土壤。小分子碳可以促進土壤團粒結構的形成，降低土壤容重，提高陽離子代換量和土壤的保水、保肥、保溫和通氣能力。它還可以為土壤微生物提供碳源和能源，促進微生物的代謝和繁殖，從而增加土壤微生物數量，增強微生物活性，改善土壤微環境。
增效肥料。小分子碳可以控制氮肥的釋放，提高磷肥的效率，防止鉀肥的流失，並活化微量營養元素，從而提高肥效和營養供給的均衡性。
改善農藥效果。小分子碳作為葉面肥料，可以與農藥協同作用，提高農藥的分散性、乳化作用和藥效，同時減緩藥效的釋放。
調節生態系統。在生態系統中，小分子有機碳被微生物分解為二氧化碳和水，為生態系統提供能量和碳元素，同時促進土壤中植物的養分供應。
提高煤炭品質。在煤炭加工中，小分子碳可以吸附雜質和降低污染物含量，提高煤炭品質。