小鼠模型根據不同的目的和特性，可以分爲多種類型。常見的實驗小鼠包括：
C57BL/6小鼠。這是最常用的實驗小鼠之一，常用於免疫學和遺傳學研究。它的毛色爲黑色，常作爲背景小鼠使用。
BALB/C小鼠。這種小鼠對致癌因子敏感，卵巢、腎上腺和肺部腫瘤發生率較高，常用於免疫學研究。
BM12小鼠。這是C57BL/6小鼠的一箇近交系，對EAE等自身免疫性疾病具有抗性，常用於慢性排斥反應研究。
NOD小鼠。這種小鼠自發性產生I型糖尿病，常用於I型糖尿病遺傳、發病機制研究。
ALR小鼠。與NOD小鼠具有共同祖先，白色，兩者有70%的基因組完全相同，但MHC不相同。對I型糖尿病具有很強的誘導耐受。
雜交鼠。由兩個近交系雜交獲得後代，性狀不穩定。
SOD1 G93A轉基因小鼠。這種小鼠模型與漸凍症相關，是最早建立的ALS小鼠模型。
TDP43小鼠模型。這種模型與ALS相關，TDP43在問題神經元中胞質聚集。
此外，還有人源化小鼠成瘤模型、化學致癌物誘發的小鼠腫瘤模型、原發腫瘤模型等，這些模型在研究腫瘤發生發展的遺傳原因、腫瘤免疫逃避的機理方面具有巨大的優勢。