尼康D90的使用方法包括以下幾個重要功能：
實時取景。要開啟實時取景功能，只需按下機身背面的LV鍵。此時，顯示屏會顯示當前拍攝的畫面。對焦操作類似於光學取景，通過半按快門來完成。當取景框顯示為綠色時，表示對焦已完成，此時可以按下快門鍵完成拍攝。
包圍曝光。在拍攝高光比場景時，如果用戶不確定曝光值是否正確，可以使用包圍曝光功能拍攝多張不同曝光值的照片。操作時，只需按下相機上的曝光按鈕，然後調整設定即可。
手動設定白平衡。首先按下WB鍵，同時撥動後撥盤選擇PRE檔。然後再次長按WB鍵直到PRE檔閃爍，表示可以進行取樣。對準白色或灰色物體，使用A檔按下快門即可。
對焦輔助燈。在光線不佳的環境中拍攝時，可以開啟機身的自動對焦輔助燈以幫助完成對焦。
連拍設定。將D90設定為A模式，然後在肩屏右側按住較遠的小按鍵，同時按後邊的撥輪調整到連拍符號（上面有個H）即可。
此外，尼康D90還具有視頻拍攝功能，但需要注意的是，手動對焦可能較為困難。