山葵和芥菜雖然都屬於十字花科，但它們在多個方面有顯著的區別：
食用部位不同。山葵主要食用其地下莖部分，而芥菜則通常食用其種子部分，這些種子被製成芥末，是許多人熟悉的調味品。
味道不同。山葵的味道相對較為清新、細膩，帶有一種獨特的辛香和輕微的辣味；相比之下，芥末的味道更刺激、更辣。
生長環境不同。山葵對生長環境的要求較高，不易栽培，因此價格較高；芥菜則較為常見，對生長環境的要求較低。
價格不同。由於山葵的栽培難度較高，其價格通常高於芥末。
此外，從植物分類學的角度來看，山葵和芥菜雖然都屬於十字花科，但它們是不同的植物種類。