當巴西龜死亡後，處理方式可以根據個人的選擇和當地的環境規定來決定。常見的處理方式包括：
土葬。首先用塑料袋將巴西龜的屍體包裹好，然後在坑底撒上石灰進行消毒，避免細菌滋生。最後將土填回坑中，並在表面再撒上一層石灰，以防腐爛的屍體吸引其他動物。
火化。可以選擇將巴西龜的屍體交給專業的寵物處理機構進行火化，這是一種簡單且環保的處理方式。
製成標本。如果主人與巴西龜感情深厚，可以選擇將其製成琥珀標本，這樣可以將巴西龜的樣子永久保存。
保留龜殼。將巴西龜的屍體去除後，保留其龜殼，殼上可以刻上名字或紀念話語。
在進行以上處理方式時，都應確保對環境沒有污染，並注意殺菌消毒，以防病原體傳播。