微型水泵的工作原理主要基於電機的圓周運動，通過機械裝置使泵內部的隔膜進行往復式運動，從而對泵腔內的空氣進行壓縮或拉伸。這個過程中，泵腔內的空氣壓力會發生變化，與外界大氣壓之間產生壓力差。在壓力差的作用下，液體在抽水口處被吸入泵腔，然後從排水口排出。微型水泵通常配備單向閥，以控制液體的流動方向，實現持續的液體輸送。
不同類型的微型水泵可能有不同的結構和原理。例如，電動微型隔膜泵使用直流電機帶動偏心輪，使隔膜片往復運動，擠壓和釋放液體，通過兩個止回閥的控制實現吸水和排水。而微型吸水泵則通過電動機驅動旋轉噴嘴來吸入並輸送液體。
總的來說，微型水泵利用電機的圓周運動和機械裝置，使泵內部的隔膜做往復式運動，通過壓縮和拉伸泵腔內的空氣或液體，形成壓力差，實現液體的吸入和排出。