微生物染色的基本原理主要依賴於物理因素和化學因素。以下是詳細介紹：
物理因素。物理因素包括細胞及其物質對染料的毛細現象、滲透和吸附作用，這些作用使得染料能夠附著於細胞結構。
化學因素。化學因素則基於細胞物質和染料的不同性質之間的化學反應，例如，酸性物質對鹼性染料的吸附作用，或者鹼性物質對酸性染料的吸附作用，這種吸附作用的穩定性取決於pH值的改變，以及細胞物質的物理形態的變化。
細菌的等電點通常在2到5之間，這意味著在中性、弱鹼性或弱酸性溶液中，菌體蛋白質電離後帶有負電荷，因此它們可以與帶正電荷的鹼性染料結合。此外，染色過程中還包括固定、脫色和復染等步驟，這些步驟有助於提高染色的質量和對比度，從而便於觀察。