微生物鑑定方法多樣，主要包括以下幾種：
形態學鑑定。通過觀察微生物的外觀形態，如菌落的形狀、大小、顏色等，以及細胞的形態和結構，與已知文獻對照以確定物種。
生理生化鑑定。根據微生物在不同環境條件下的生長、代謝、產物等生理特性進行鑑定，例如觀察細菌對不同營養物質的利用能力、酶反應等。
分子鑑定。利用分子生物學技術，如16S rRNA序列分析、DNA測序等，對微生物進行物種鑑定。
血清學試驗。通過抗體與微生物的特異性反應進行鑑定。
顯微鏡觀察。使用顯微鏡觀察樣本中的細菌數量和種類。
生化鑑定。通過細菌的生化反應特性進行鑑定。
免疫學方法。利用抗原-抗體反應檢測特定微生物或其產物。
這些方法可以單獨使用，也可以結合使用，以提高鑑定的準確性和可靠性。具體方法的選擇取決於微生物的種類、樣本的性質以及鑑定的目的。