微生物菌肥的作用主要包括：
改良土壤結構。其能增加土壤中的有機質，促進有機質的分解和轉化，從而增加土壤肥力。
提高土壤養分利用率。微生物菌肥中的有益微生物能分解土壤中的有機質，釋放出養分，提高土壤的保水保肥能力，改善土壤通氣狀況。
增強作物抗病抗逆能力。其可以刺激作物的免疫系統，增強作物的抗病能力，同時還可以通過產生一些抗病物質，如抗生素、細胞毒素等，減輕作物病害的發生。
促進作物生長。微生物菌肥中的微生物可以產生一些植物生長激素，如赤黴素、吲哚乙酸等，促進植物的生長和發育。
提高農作物產量和品質。其能降低植物體內硝酸鹽含量，提高果實中維生素C、胺基酸和糖分的含量，改善農產品品質。
分解有機物質和毒素。其能加速有機物質的分解，為作物製造速效養分、提供動力，能分解連作有毒有害物質，防止重茬。
綜上所述，微生物菌肥不僅能改善土壤健康、提高作物抗逆性，還能促進作物的生長和提高農產品的品質。