微生物DNA提取方法多種多樣，具體方法的選擇取決於微生物的種類、實驗目的以及可用資源。以下是一些常用的微生物DNA提取方法：
酚抽提法。這種方法首先使用蛋白酶K和SDS破壞細胞結構，然後用酚和酚-氯仿提取DNA，高速離心後收集上清液，得到較大片段的DNA。
甲醯胺解聚法。同樣先破壞細胞，然後用高濃度甲醯胺解聚蛋白質與DNA的結合，通過透析獲得DNA。
玻璃棒纏繞法。用鹽酸胍裂解細胞，將裂解物鋪於乙醇上，使用帶鈎或U型玻璃棒在界面輕攪，使DNA沉澱。
異丙醇沉澱法。類似於酚抽提法，但使用異丙醇代替乙醇沉澱DNA，去除小分子RNA。
表面活性劑快速製備法。使用Triton X-100或NP40等表面活性劑破壞細胞，然後用蛋白酶K或酚去除蛋白，用乙醇沉澱或透析獲得DNA。
加熱法快速製備。通過加熱使細胞裂解，離心後取上清液，適用於PCR反應。
鹼變性快速製備。使用NaOH處理細胞，然後中和pH值，離心後取上清。
改良裂解法。例如在血清中加入NaOH和tris HCl進行煮沸，然後沉澱和純化DNA。
苯酚-氯仿法。在細胞裂解液中加入蛋白酶K消化，然後使用苯酚、氯仿和異戊醇的混合物去除蛋白質，最後用乙醇沉澱DNA。
CTAB/NaCl法。涉及細胞裂解、蛋白酶消化、CTAB/NaCl沉澱和苯酚-氯仿提取等步驟。
每種方法都有其優缺點，適用於不同類型微生物和不同的實驗需求。選擇合適的方法對於獲得高質量的DNA至關重要。