微肥在農業中扮演著至關重要的角色，主要作用包括：
提高作物產量和品質。微肥中的微量營養元素通常是酶和輔酶的組成部分，對葉綠素和蛋白質的合成、光合作用以及氮、磷、鉀等養分的吸收和利用有重要調節作用。在微量元素缺乏的土壤中施用相應的微肥可以顯著提高作物產量，增產比例通常在10%左右，在某些嚴重缺素的土壤上，增產效果甚至更為顯著。
改善土壤肥力。通過增加土壤中的有機質，提高土壤肥力，一些微生物肥料還能分解土壤中不溶性的磷、鉀，轉化為可被作物吸收的形式。
改良土壤結構。微生物肥料中的有益微生物能分泌胞外多糖等物質，這些物質與植物根系分泌物和土壤膠體共同作用，促進土壤團聚體的形成，改善土壤理化性質。
刺激作物生長發育。一些微生物肥料中的微生物能分泌植物激素如生長素、赤黴素等，調節作物的生長發育。
增強作物抗性。施用微肥還能增加作物對病害、低溫、高溫和乾旱等環境的抗性。
然而，土壤中微量元素含量過高或微肥過量也會降低作物的產量和品質，因此合理使用微肥是關鍵。