使用微PE工具箱的步驟如下：
下載微PE工具箱。首先訪問微PE官網，選擇合適的版本（如「微PE工具箱V2.0 64位」）進行下載。
製作啟動隨身碟。
插入隨身碟。雙擊下載好的「wepe_64.exe」檔案，選擇隨身碟圖示，在「待寫入隨身碟」項中選擇自己的隨身碟，輸入隨身碟名稱（例如「微PE工具箱」），勾選「包含DOS工具箱」，點擊「立即安裝進隨身碟」，然後選擇「開始製作」。注意，製作啟動盤會格式化隨身碟，請提前備份好隨身碟中的數據。
安裝系統和進行系統維護。啟動盤製作完成後，將隨身碟插入電腦。重啟電腦，在開機畫面出現時按下對應電腦主機板的隨身碟啟動熱鍵（如F8、F11、F12、ESC等），選擇隨身碟啟動項進入PE系統界面。在PE系統中，可以使用「分區工具DiskGenius」對電腦硬碟進行分區和格式化操作，使用「CGI備份還原軟體」安裝系統。選擇下載的Windows系統檔案，選擇C糟執行還原操作，按照提示完成系統安裝。