徽商的衰落是一個複雜的過程，主要原因包括：
戰亂的影響。特別是太平天國運動期間，江南地區作為徽商的主要經營地，頻繁的戰爭和動亂嚴重破壞了商業環境，導致徽商的經營活動受到極大影響。
政策調整。如鹽業經營權的收回和票鹽法的實施，破壞了徽商的主要業務模式，影響了其經營活動。
統治階層的盤剝。徽商為了建「樂善好施」的牌坊、捐輸軍餉、修建堤壩等，導致資本大量流失。
不適應新市場變化。徽商未能及時把握外國資本湧入和商業中心轉移的新態勢，導致在與外國資本和其他商邦的競爭中處於劣勢。
自身經營問題。徽商在成功後的經營策略上存在問題，如過多地投入到土地購買和房產建設上，而非資本擴大再生產，以及自身的奢靡浪費也是導致衰落的原因之一。
此外，徽商的文化背景和經營理念也是影響其衰落的重要因素。徽商在商業理念上受到宗族倫理和程朱官本位的影響，缺乏自身轉化的動力，不能更新商業理念，隨著西方商業革命的浪潮的到來，這種傳統商業理念和運作方法的局限性逐漸顯現，導致徽商難以適應新的商業環境，進而衰落。