《忍者神龜3》的秘籍包括：
隱藏秘籍。在遊戲開始畫面，依次輸入「上上下下、左右左右、AB」可進入遊戲後選擇關卡難度和人數。反向輸入此秘籍可增加續關次數。
操作技巧。撿物品和扔物品都是按「H」鍵；使用陷阱門的方法是站在上面不動然後按「J」鍵起跳，起跳後馬上按「H」鍵就可以穿越陷阱門；發飛鏢的前提是至少有一格氣，這時按「Space+H」鍵就能發飛鏢，一格氣能發兩枚。
特定角色技巧。Leo（萊奧）：移動中跳向牆壁，觸牆後在落地前+Space+M——踏牆反擊；Don（唐納）：Space+M——連續技，要第一下中了才跟後面的；Mike（邁克）：空中+Space+M——直升機，可以按N鍵攻擊，按空格鍵可以取消；Raph（拉斐）：空中+Space+J——俯衝攻擊；April（艾普）：移動中+Space+H——反彈飛踢；Casey（凱西）：被打倒在地後+Space+H——立刻起身，有殺傷力；Foot（福特）：Space+M——衝刺。