念珠的正確使用方法主要包括以下幾個方面：
念誦方式。在念誦時，如果是使用少量的念珠，可以單手操作，將念珠懸於食指的第一或第二節指腹間，使用大拇指的指腹扣合念珠，逐顆向身體方向撥動，每轉動一顆珠子就誦讀一次佛號。對於一百零八顆的念珠，可以使用雙手一起持轉，大拇指從最大的珠子（即「母珠」）的下一顆開始掐起，誦讀一次轉動一顆珠子，當轉到最大的珠子時再翻回來重新計數，但不要越過最大的珠子。這個最大的珠子象徵著佛陀，翻回來重掐象徵著苦海無邊，回頭是岸。
持珠手勢。根據不同的佛教傳統，持珠的手勢也有所不同。例如，《攝真實經》中提到不同部位的手指用於掐念珠的方法，如佛部應使用右手的拇指與食指掐之，金剛部應使用右手的拇指與無名指掐之，蓮花部和羯磨部則應使用右手的拇指與四指掐之。
注意事項。在使用念珠時，有一些重要的注意事項需要遵守。例如，避免在廁所等不潔之地使用念珠，不要在夫妻同睡時戴念珠或放在床邊，避免在吸菸、接觸蔥蒜韭菜或飲酒時佩戴念珠，不使用時可將念珠放在佛堂或佛像前，用薰香熏一下更好。此外，還應避免隨意觸摸他人的念珠，不將其放在褲子口袋或臀部位置。
通過遵循這些基本的使用方法和注意事項，可以更有效地利用念珠進行修行和冥想。