判斷中心原子的方法主要是基於原子的連接情況，具體步驟如下：
寫出分子的結構式。
觀察每個原子的連接情況。如果一箇原子連接了兩個或兩個以上的其他原子，那麼這個原子就是中心原子。反之，如果一箇原子只連接了一箇其他原子，那麼這個原子就不是中心原子。例如，在有機物中，氫原子肯定不是中心原子，因爲它只能形成一箇鍵，永遠處於端點上。而在甲醇分子中，碳原子和氧原子都可以看作是中心原子，因爲它們都連接了兩個或兩個以上的其他原子。
另外，如果確定中心原子的目的是最終得到分子的空間結構，那麼中心原子是指在分子中形成的共價鍵數大於等於2的原子。例如，在水分子H2O中，氧原子是中心原子；在甲烷分子中，碳原子是中心原子。需要注意的是，在某些複雜分子中，可能存在多箇中心原子，這時需要分別進行分析。
總的來說，判斷中心原子的關鍵就是觀察原子在分子中的連接情況。