去馬祖旅遊，可以選擇搭飛機或輪船前往。搭飛機的話，可以選擇立榮航空，每日都有由松山機場往返南北竿以及臺中往返南竿的航班，飛行時間約爲50分鐘~65分鐘。但需要注意的是，由於馬祖氣候變化大，航班可能會當日天候狀況調整，建議旅客出發前先與航空公司確認。
搭輪船的話，可以選擇搭乘臺馬輪，有往返基隆港與東引、南竿輪船，航行時間約8~10小時，每日班次少也較耗時，船班也會受天氣原因影響。另外，也可以選擇坐船到馬祖後，在口岸現場辦理“落地籤”。
在馬祖，可以遊覽北竿、南竿、東莒這些景色不僅經典、景點比較集中的島嶼。例如南竿島看媽祖神像、天后宮、尋找元代石碑，北海坑道看藍眼淚，八八坑道參觀馬祖高粱酒，北竿島遊玩芹壁村、芹壁播音站等。
在馬祖旅行，除了租車、包車、租機車等，還有公交車可以搭乘，旅客可投幣或使用悠遊卡付費。而來往各島，則有固定輪船可以搭乘，班次很密集，基本上約半小時就有一班船。