清除木馬病毒的方法主要包括以下幾個步驟：
全面檢測和識別木馬病毒。使用殺毒軟件（如360殺毒、瑞星等）對整個系統進行全盤掃描，以識別並隔離已知的木馬病毒。同時，可以利用系統監控工具（如Windows任務管理器或Process Explorer）查看正在運行的進程，尋找異常或可疑的進程。此外，網絡流量監控工具（如Wireshark）可用於分析進出計算機的網絡數據包，以發現異常的網絡連接。
手動刪除木馬病毒。如果殺毒軟件無法清除木馬病毒，或爲了確保徹底刪除，需要採取手動方式來刪除。首先結束與木馬病毒相關的進程，在任務管理器中找到並結束相關進程。然後根據殺毒軟件的檢測結果，定位並徹底刪除木馬病毒的文件。同時，檢查系統文件夾、臨時文件夾和回收站等可能隱藏木馬病毒的地方。最後清除與木馬病毒相關的註冊表項，並特別注意檢查常見的自啓動項位置，如“HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run”。此外，修復被篡改的系統配置，如HOSTS文件、DNS設置等。
增強系統安全性。在刪除木馬病毒後，應對計算機系統進行全面檢查和修復，確保系統的正常運行。
對於手機用戶，可以使用手機自帶的殺毒軟件或第三方殺毒應用（如360手機衛士）進行掃描和清除木馬病毒。