《愛麗絲學園》的結局主要涉及以下情節：
校長倒台：萬惡之源初等部校長最終倒台，標誌著學園內部權力的重大變動。
蜜柑與棗的關係：儘管蜜柑一度失去記憶，但她最終與棗重逢，並與流架一起踏上了尋找小瑩的旅程。
小瑩的犧牲：為了拯救棗，小瑩和她的哥哥一起失蹤。後來，蜜柑失去的記憶逐漸被找回，他們開始尋找小瑩。
野薔薇的幸福：野薔薇最終與派魯索走到了一起，實現了她的幸福。
蜜柑與螢的誤會：蜜柑得知螢要出國留學的訊息，感到非常沮喪。但在好友們的幫助下，她向螢表明了自己的真實心意，發現這其實是一個誤會。螢並沒有要出國，只是要搬到實驗室去，這讓蜜柑感到既尷尬又欣喜。
蜜柑的消失與重逢：蜜柑一度失去愛麗絲並被消除記憶，離開了愛麗絲學園。幾年後，她的同學們包括棗、流架、翼、鳴海老師等來到蜜柑後來讀書的地方，把蜜柑當初自己製作的愛麗絲石還給她，使她恢復了部分記憶。然後一眾人踏上尋找記憶中消失的那個瑩和她哥哥的旅途。
通過這些情節，我們可以看到《愛麗絲學園》結局的複雜性和情感深度，以及角色之間的深厚情感。