慈悲串經的念法如下：
開始時，先念一遍天主經、聖母經和信經。
在每粒大珠上念：“永生之父，我把禰至愛之子，我們的主耶穌基督的聖體、聖血、靈魂及天主性奉獻給禰，以賠補我們及普世的罪過。”
在每粒小珠上念：“因祂的至悲慘苦難，求禰垂憐我們及普世。”
用完念珠後結尾時，念三次：“至聖天主，至聖強有力者，至聖長存者，求禰垂憐我們及普世。”最後，念：“主，耶穌，我們信賴禰！”
以上步驟完成後，可以根據需要加入其他祈禱意向，如爲煉獄靈魂、天主憐憫更多的罪人的悔改、教會神職人員、每個基督徒活出信仰、耶穌慈悲敬禮、自己家族內以及家中的罪人等祈禱。