戊二醛溶液應密封保存，避免與空氣接觸和直接陽光照射。它需要置於陰涼、乾燥、通風處，遠離明火和高熱源。同時，戊二醛溶液不得與其他有毒物品混貯，尤其是氧化劑，以防止化學反應的發生。開封後，應儘快使用，並且不能反覆使用。在配製和使用戊二醛時，應採取適當的個人防護措施，如佩戴防護口罩、手套和眼鏡。此外，戊二醛的水溶液需要通過鹼性「活化」，使其pH為7.5～8.5，以增強其殺菌效果。在使用過程中，應監測濃度，當濃度低於1.8%時，應立即停止使用。連續使用時間不宜超過20天。對於2%的戊二醛溶液，室溫下只能保存2周，而其他劑型的戊二醛溶液可以保存4周。