諾亞方舟的故事內容主要源自聖經《創世記》第6至9章的記載。故事背景是人類在世上因罪惡而變得越來越敗壞，上帝為此感到憂傷，決定用洪水毀滅這個世界。但上帝選擇諾亞及其家人作為義人，命令他們建造一隻巨大的方舟，並帶上所有動物的雌雄各一對，以保全生命。
方舟的尺寸為長300肘、寬50肘、高30肘，分為上、中、下三層，並留有門和窗戶。諾亞遵從上帝的命令，花費120年時間建造了方舟，並帶著家人和動物進入。隨後，上帝降下大雨，引發洪水，持續了40個晝夜，淹沒了高山和所有生物。
洪水退去後，方舟最終停在亞拉臘山上。諾亞放出鴿子探測水是否退去，直到鴿子帶回橄欖枝，表明陸地已經安全。經過一段時間，諾亞再次放飛鴿子，這次鴿子沒有返回，表明地面已經完全乾燥。
最終，諾亞一家和方舟中的動物安全離開方舟，世界重新充滿生機。上帝與諾亞立約，承諾不再用洪水毀滅人類和生物，並以彩虹作為這一約定的標記。這個故事不僅展示了上帝的慈愛和審判，也象徵著信仰、順從和拯救的重要性。