搜尋引擎可以根據不同的標準進行分類，具體如下：
根據蒐集內容的目的。可以分為綜合性搜尋引擎、專題搜尋引擎和特殊搜尋引擎。綜合性搜尋引擎如Google和Baidu，旨在蒐集所有類別的Web頁面；專題搜尋引擎如Medical Matrix和PharmWeb，專注於某一特定主題或領域；特殊型搜尋引擎，如Ucloo和WebSEEK，專門用於檢索特定類型的信息或數據。
根據功能。可以分為全文搜尋引擎、目錄索引類搜尋引擎和元搜尋引擎。全文搜尋引擎如Google和Baidu，自動蒐集網頁並生成索引，根據用戶查詢返回相關結果；目錄索引類搜尋引擎如Yahoo!和DMOZ，通過人工或自動提交的方式對網頁進行分類整理，供用戶瀏覽；元搜尋引擎如InfoSpace和Vivisimo，整合多個搜尋結果，然後返回給用戶。
根據工作方式。可以分為爬蟲搜尋引擎和目錄式搜尋引擎。爬蟲搜尋引擎使用「蜘蛛」或「機器人」程式自動蒐集網頁信息，如Google和Baidu；目錄式搜尋引擎依賴人工整理和分類網站連結，如Yahoo!和DMOZ。
其他類型。包括垂直搜尋引擎、互動式搜尋引擎等。垂直搜尋引擎針對特定領域或行業，如機票、火車票預訂或網路視頻資源搜尋；互動式搜尋引擎如搜狗搜尋，嘗試理解用戶意圖，智慧型展示相關主題。