文玩核桃變色的原因主要是由於人體分泌的汗液和油脂與其木質結構相互作用的結果。
在長期盤玩的過程中，手部的汗液和油脂會逐漸滲透到文玩核桃的木質結構中，引起顏色的改變。同時，這些滲透了汗液和油脂的文玩核桃在接觸空氣時會形成氧化薄膜，隨著時間的積累，氧化薄膜逐漸變厚、變硬，形成了包漿。
文玩核桃的顏色深淺也受到其自身密度的影響，密度低的文玩核桃其木質結構較為鬆散，汗液油脂滲透速度快，上色速度也快，顏色較深；相反，密度高的文玩核桃其顏色會較淺、較亮。此外，文玩核桃在生長過程中受到的不同光照和濕度影響、採摘時間的差異、以及是否經過人工處理等也會影響其顏色。