新疆的湖泊衆多，其中最著名的包括：
喀納斯湖。位於阿勒泰地區布爾津縣北部，以其神祕的湖怪、變色湖水和迷人的自然風光而聞名。
賽里木湖。被譽爲“大西洋的最後一滴眼淚”，是新疆海拔最高、面積最大的高山湖泊，以其純淨的湖水和秀麗風光著稱。
博斯騰湖。位於巴州博湖縣，是中國最大的內陸淡水吞吐湖，以其良好的生態環境和美麗的蘆葦蕩聞名。
天山天池。傳說中西王母的瑤池，位於天山山脈，以其清澈的湖水和美麗的自然風光享有“天山明珠”的美譽。
卡拉庫裏湖。位於慕士塔格峯腳下，是一座高山冰蝕冰磧湖，以其深邃的湖水和美麗的湖畔風光著稱。
白沙湖。形狀獨特，湖水不增不減，不凝不濁，具有獨特的自然景觀。
此外，新疆還有阿亞克庫木湖、博格達峯下的半山腰湖泊等。