於姓的起源主要有三大來源，具體如下：
出自姬姓。這一支於姓起源於周武王姬發的後代。根據《新唐書·宰相世系表》的記載，西周初年，周武王克商後，大舉分封諸侯，其第二個兒子邘叔被封在邘國。邘叔的子孫有的以國名為姓，稱為邘，有的去掉「邑」旁，改為於姓，這一支被視為於姓的正宗。
出自古炎帝姜姓齊國公子、文學家淳於髡的後裔淳於氏。在唐代時，因避諱憲宗李純的名字（淳與純同音），這一複姓家族改為單姓於氏。
出自北魏時期的萬忸於氏。這一支原本是漢族於姓人，後隨鮮卑族遷移，並改姓為萬忸於氏。在北魏孝文帝的漢化改革中，他們恢復了本姓於。
此外，還有一些於姓是由少數民族姓氏改動或被賜姓而來的。例如，明朝時元人巴延達哩被賜姓於，清朝時南方部分尼瑪哈氏改為於姓。還有達斡爾、鄂倫春、土、回、高麗等少數民族中有人改姓為於。