於姓的起源有多種說法，主要包括以下四個方面：
出自姬姓，為周武王姬發的後代，以國名為氏。西周初年，周武王封第二子（一說第三子）於邘，即今河南省沁陽縣北部西萬鎮邘邰村，稱作邘叔，建立邘國。後來，邘叔的子孫就以國名為氏，有的姓了邘，有的則去邑旁姓於，是為河南於氏，史稱於姓正宗。
出自古炎帝姜姓齊國公子、文學家淳於髡的後裔淳於氏，在唐代時避諱憲宗李純改單姓於氏。唐貞觀年間所定皇族七姓，有淳於氏。至唐憲宗李純時，為避諱（「純」「淳」同音），複姓淳於氏改為單姓於氏。到了宋代，又有部分於姓恢復淳於姓，也有一部沿襲未改的，形成此支於氏。
出自北魏前期中原於氏避三國之亂於平城而改姓的萬忸於氏，在孝文帝漢化改革時，恢復本姓於。實際上，他們是漢朝於公的後代，在三國戰亂時，隨拓跋鄰部離開中原，並為了適存於鮮卑族而改姓為萬忸於氏。到後來鮮卑族的拓跋珪在我國北方建立了北魏，才又重回中原，複姓為於而已。
出自少數民族改姓。北魏鮮卑族的萬忸於氏、蒙古族、回族等均有改姓為於的。
總的來說，於姓的起源具有多元性，不僅與姬姓、淳於氏等有關，還與歷史上的民族融合、避諱改姓等文化現象密切相關。