日本九州的港口包括北九州的門司港和博多港。
門司港位於日本北九州，地處關門海峽和豐後水道的交匯點，地理位置優越。港口的助航設備也比較完善，整個海峽內設立的VTS管理系統，由「關門MARTIS」負責船舶交通及安全管理。門司港是日本的一個大型港口，碼頭大小泊位共有幾十個，其中TACHINOURA碼頭為貨櫃碼頭。
博多港位於日本九州西北博多灣內，鄰福岡市。該港是天然良港，外有半島和島嶼作屏障，港內水深、浪小、港寬。博多港現有三座商業碼頭，全港28個商業泊位中有11個萬噸級泊位，其中有一個貨櫃泊位（箱崎5號泊位）貨櫃裝卸9萬標準箱。博多港屬亞熱帶季風氣候，盛行北風，冬季有強西北風產生。