日本庭院植物種類豐富，主要包括以下幾種：
常綠喬木：包括針葉樹的紅豆杉、榧樹、日本花柏類、日本扁柏類等；闊葉樹有寬葉山月桂、櫟樹類、光葉石楠、樟樹、桂花類、冬青、厚皮香、楊梅等。
常綠灌木：刺柏、矮紫杉、鋪地柏、馬醉木、鈍齒冬青、冬山茶、小葉黃楊、梔子、石楠杜鵑、十大功勞、大葉黃楊、龜甲冬青、厚葉香斑木、硃砂根、八角金盤等。
落葉喬木：梧桐、梅花、安息香、楓樹類、連香樹、木瓜、痲櫟、光葉櫸、短柄櫟、日本辛夷、櫻花類、紫薇、樺樹類、白樺、婆羅花、山茱萸、日本紫荊、木槿、玉蘭等。
落葉灌木：八仙花、鋸齒冬青、金雀兒、角八仙花、金絲梅、痲葉繡線菊、日本繡線菊、日本吊鐘花、衛矛、胡枝子、垂絲海棠、紫荊、貼梗海棠、芙蓉、金縷梅、三葉杜鵑、紫珠、棣棠、噴雪花、連翹等。
竹類：龜甲竹、金明竹、金明毛竹、紫竹、唐竹、女竹、淡竹、人面竹,桂竹、毛竹等。
爬藤植物：菱葉常春藤、日本南無味、圓葉紫草、日本絡石、多花紫藤、野木瓜等。
地被植物：菖蘭、蝦春蘭、萬年青、桔梗、波葉玉簪、雀舌花、苔蘚類、矮竹類、蕨類、蝴蝶花、白芨、華南十大功勞、日本草、一葉蘭、富貴草、硃砂根、紫金牛、百合、麥冬等。
花卉植物：包括各種觀賞性強的花卉。