木材腐朽的主要原因是由於木腐菌（真菌）的侵害。
這些真菌寄生在木材的細胞壁中，能夠分泌酵素，將細胞壁物質分解成簡單的養分供自身吸收，這個過程導致木材的顏色改變、結構變得鬆散和脆弱，進而失去強度和耐久性。除此之外，木材還會受到昆蟲（如白蟻、蝸牛等）的蛀蝕，這些昆蟲會在木材內部形成多孔眼或溝道，甚至蛀穴，進一步破壞木材的結構完整性。木材纖維中含有的糖分和其他有機物質也會吸引細菌侵蝕木材。
在戶外環境中，物理和化學因子（如風化、變形、變色）也會對未經處理的普通木材造成侵害。木材腐朽的速度和程度受到溫度、濕度等環境條件的影響，一般在水分含量在30%至50%、溫度在10至30℃的環境下最為適宜木腐菌的生長和繁殖。為了防止木材腐朽，可以採取降低含水率、保持木材幹燥、通風和防潮等措施，同時，使用化學防腐劑也是一種有效的防腐方法。