末端控制的弊端主要包括：
污染處理設施投資大，運行費用高：末端治理通常被視為生產過程中的一種額外負擔，增加了生產成本，導致企業缺乏積極性去實施。
污染物轉移，造成二次污染：末端治理往往不是徹底處理污染物，而是將其轉移，這可能導致新的環境污染問題。
不能解決資源浪費問題：由於末端治理是事後處理，它不涉及資源的有效利用，無法解決資源浪費和消耗高的問題。
技術難度大，處置過程風險高：污染治理技術具有一定的難度，且在處置過程中可能存在較高的風險。
忽視全過程控制：末端治理將控制污染和生產管理分裂開來，不能從根本上控制污染，缺乏對全過程的綜合考慮。
有投入而無產出：末端治理可能存在資源能源的浪費，因為它沒有直接產生經濟效益，只是對已經發生的污染進行治理。