松花江污染事件的治理方法主要包括以下幾個方面：
提高環境準入的門檻。利用「區域限批」政策，嚴格控制新的污染源產生。在「十一五」期間，停止批準任何向松花江水體排放重金屬和難降解的有機污染物的項目，並對在建項目進行全面清理整頓，同時積極推進規劃環評。
淘汰落後生產能力。加大對電力、鋼鐵等高耗能、高污染行業落後生產能力的淘汰力度。在松花江流域全面淘汰或關閉生產能力達不到一定規模的特定生產企業。
加強飲用水源保護。保障沿岸民眾飲水安全，加快飲用水水源保護區的劃分和調整，嚴厲打擊危害飲用水水源的環境違法行為。
加大重點工業污染源治理力度。建立和完善科學的污染減排指標、監測和考核體系，加快重點企業的治污進程。
加快城鎮污水處理設施建設。省轄市城市污水處理率在2008年年底前需達到50%，2010年年底前達到70%。
統籌流域水資源開發利用和生態保護。在「十一五」期間，停止批準所有從松花江流域向外流域的調水工程，以保證河流必要的生態基流。
加強環境監測。繼續加強松花江、黑龍江環境監測工作，確保沿江人民飲用水的安全。
深入開展松花江水污染生態環境影響評估的研究。進行更加深入細緻的研究，科學指導污染防治工作。
組織實施松花江水污染防治中長期規劃。通過進行產業結構調整、開展清潔生產、實施污染物總量控制等措施減少污染物的產生和排放。
繼續做好流域污染防治工作。組織相關省份環保部門嚴密監控沿江污染源的情況，加強城市供水安全管理。
建立健全環境應急長效機制。以應對未來的環境挑戰。