松花皮蛋的原理主要涉及一系列複雜的化學反應。
在加工過程中，灰料中的強鹼（如氫氧化鈉、氫氧化鉀）從蛋殼外滲透到蛋黃和蛋清中，與其中的蛋白質作用，導致蛋白質分解、凝固，並產生少量的硫化氫氣體。同時，滲入的鹼與蛋白質分解出的胺基酸發生中和反應，生成的鹽的晶體以漂亮的外形凝結在蛋清中，形成所謂的「松花」。此外，硫化氫氣體與蛋清和蛋黃中的礦物質作用生成各種硫化物，使蛋清和蛋黃的顏色發生變化。食鹽的加入有助於皮蛋收縮離殼並增加風味，而茶葉中的單寧和芳香油則給凝固的蛋白質上色，並增強皮蛋的風味。
這個過程不僅改變了蛋的物理和化學性質，還賦予了松花皮蛋其獨特的風味和質地。