製作水果酵素的方法主要包括以下幾個步驟：
準備材料。需要一個乾淨的玻璃容器（無油無水）、各種水果（如蘋果、香蕉、檸檬等）、冰糖或黃糖。
清洗和切割水果。將所有水果洗淨瀝乾水份，削皮待用，火龍果留些紅色部分，將水果切成合適的厚片。
裝瓶。按照水份少的水果在下面一層層依次擺放，儘量擺的緊密些，檸檬放在水果的最上層後接著鋪上冰糖，比例大概是三層水果一層糖，直至將瓶子放滿，瓶頂的冰糖用手壓實至瓶口。
密封和發酵。將瓶蓋蓋緊放置在陰涼處，發酵時間至少需要3個月，6個月更佳，發酵期間每隔一段時間攪拌或使用呼吸瓶保證瓶內氣體流出。
飲用。開封後請放入冰櫃內保存，並儘快飲用，每天飲用量無限制，通常飲用一小杯30ML左右，原液可用4、5倍的水或果汁調合飲用。
此外，在製作過程中需要注意，所有用具必須確保無水、無油、無菌以避免發霉，水果和檸檬等需洗淨風乾，確保無水分，切成薄片。