柑橘褐斑病的防治方法主要包括以下幾點：
加強管理。通過施用保果藥劑（如赤黴素和蕓薹素內酯）防止落果，強壯春梢以加快其老熟過程，避免過度生長消耗樹體營養，抹除早夏梢以降低夏梢與果實的營養競爭，並在夏梢萌發時適度噴施控梢藥劑（如氟節胺），以促進幼果迅速膨大並保果。
化學防治。在褐斑病發生嚴重時，可使用代森錳鋅、吡唑醚菌酯、咪鮮胺、苯醚甲環唑、戊唑醇等藥劑進行防治，同時可配合使用亞磷酸鉀、海藻肥和乙唑蟎腈/阿維菌素等。
輪換使用殺菌劑。為防止抗藥性的產生，應經常輪換使用不同的殺菌劑。
預防措施。在褐斑病發生前，可以使用吡唑醚菌酯、苯甲吡唑酯、甲基硫菌靈等作為預防用藥。
此外，在發病嚴重的情況下，還可以使用亞磷酸鉀、礦物油、硫酸銅鈣、氫氧化銅等藥劑進行防治。