柯南之所以被稱爲工藤新一，是因爲在劇情中，高中生偵探工藤新一因爲被黑衣人灌下了一種名爲APTX 4869的神祕藥物，導致他的身體縮小到了小學生的水平。爲了隱藏自己的真實身份並蒐集黑衣組織的情報，工藤新一化名爲江戶川柯南，並寄住在青梅竹馬的同學毛利蘭家中。因此，柯南和工藤新一是同一個人，只是根據劇情需要使用了不同的身份和名字。
劇情背景：在《名偵探柯南》的第一集《雲霄飛車殺人事件》中，工藤新一因爲追蹤兩個黑衣人而被偷襲打暈後，被喂下了APTX 4869。這種藥物本意是用來測試新藥的，但意外地使工藤新一的身體縮小到了小學生的水平。
化名來源：工藤新一在情急之下，受到《福爾摩斯探案集》的作者“阿瑟·柯南·道爾”和日本偵探小說作家“江戶川亂步”名字的啓發，爲自己取名爲“江戶川柯南”。
角色辨識度：在劇情中，角色對其他角色的特定稱呼以及角色被另一角色以特定名字稱呼，是提高角色辨識度並強化人設的一種操作。這種設定儘可能合情合理，以維護角色的形象“真實”和“立體”。
綜上所述，柯南之所以被稱爲工藤新一，是因爲他在劇情中的身體縮小和化名選擇，以及爲了維護角色形象的需要。