柴犬的繁殖期通常在春季的3月至5月和秋季的9月至11月。母犬的繁殖期一般從出生後18個月或20個月開始，而公犬的發育定型比母犬晚，因此第一次配種的最佳犬齡是從兩周歲開始。柴犬的發情期是其繁殖周期的一個重要階段，分為幾個階段：
發情前期：這是發情的準備階段，持續大約7至10天。在這個階段，生殖系統開始為排卵做準備，表現為陰部逐漸充血腫大，流出含有血液的粘液。排尿次數增加但量少。
發情期：這是發情徵兆最明顯並接受交配的時期，持續約15天左右。在這個階段，母犬的陰部開始出血，早期陰部腫大，末期有所消退，流血粘液減少，顏色由鮮紅變為淡紅。發情期的最後2至3天是母犬排卵的最佳時期。
發情後期：這個階段外陰的腫脹消退，逐漸恢復正常。
乏情期：生殖器官進入不活躍狀態，一般持續約3個月，然後進入下一個發情前期。
柴犬一般在發情期間交配後懷孕，懷孕期大約在62天左右，因此發情期交配過後兩個月左右柴犬就會下崽。