核定扣除方法主要用於以購進農產品為原料生產貨物的納稅人，具體包括以下三種方法：
投入產出法。這種方法是通過參照國家標準或行業標準來確定銷售單位數量貨物時耗用的外購農產品數量，即農產品單耗數量。當期允許抵扣的農產品增值稅進項稅額是根據當期銷售貨物數量（不含採購除農產品以外的半成品生產的貨物數量）、農產品單耗數量、農產品的平均購買單價和扣除率來計算的。
成本法。依據試點納稅人的年度會計核算資料，計算確定耗用農產品的外購金額占生產成本的比例，即農產品耗用率。當期允許抵扣的農產品增值稅進項稅額是基於當期主營業務成本、農產品耗用率以及扣除率來計算的。
參照法。適用於新辦的試點納稅人或試點納稅人新增產品的情況，納稅人可以參照所屬行業或生產結構相近的其他試點納稅人來確定農產品單耗數量或農產品耗用率。
這些方法確保了在計算增值稅進項稅額時，能夠合理地反映納稅人的實際成本和消耗情況。