檔案封存有兩種不同的含義，一種是在法律領域，另一種是在檔案管理領域。
在法律領域，檔案封存是指對於未成年人犯罪，被判處五年有期徒刑以下刑罰的，應當對相關犯罪記錄予以封存。這種封存的目的是爲了保護未成年人的隱私權和未來發展的可能性，避免犯罪記錄對他們產生長期的不良影響。封存後的犯罪記錄不得向任何單位和個人提供，除非是司法機關爲辦案需要或者有關單位根據國家規定進行查詢。
在檔案管理領域，檔案封存是指將檔案保存在一箇密閉的環境中，使檔案與外界大氣環境完全隔絕，避免外部的光照、有害生物、塵污、潮溼、有害氣體和顆粒、靜電等不良因素對檔案的不利影響。這樣做可以使檔案的保管微環境更加穩定，有效地防止紙張氧化酸化，延長檔案壽命。