正己醇是一種低毒的醇類化合物，具有一定的刺激性氣味，易燃，能與空氣形成爆炸混合物。它微溶於水，但能溶於乙醇、乙醚等有機溶劑。正己醇對人體的皮膚和黏膜有刺激作用，長期接觸可能會導致皮膚刺激和乾燥，吸入高濃度的正己醇蒸氣可能引起眼睛、鼻子和喉嚨的刺激。
此外，正己醇還可能對中樞神經系統產生影響，長期暴露於高濃度正己醇可能導致頭暈、頭痛和噁心等症狀。有研究表明，長期暴露於正己醇可能與代謝紊亂和肝臟損傷有關。在某些情況下，接觸高濃度的正己醇可能導致肝臟、腎臟、神經系統等器官受損，嚴重的時候還會引起痲醉、昏迷和死亡等。
在急性毒性實驗中，大鼠經口LD50為4590mg/kg，大鼠吸入LD大於1060ppm/6H，小鼠經口LC50為1950mg/kg，小鼠吸入LC大於1060ppm/6H，小鼠靜脈LD50為103mg/kg，家兔經皮LD50為3100ml/kg。因此，在使用正己醇時，需要採取適當的防護措施，如穿戴防護服和戴護目鏡。