《殭屍校園》的結局是主角團在逃亡過程中，遇到了重重困難，但最終成功逃脫學校。在逃亡的過程中，青山不幸被咬，變成了喪屍，班長南拉為了保護其他人，選擇了離開主角團，繼續守護朋友們。多年後，溫召仍在尋找班長的蹤跡，偶然間在學校的樓頂發現了班長，班長已經克服了病毒，進化成了新人類，但拒絕跟著朋友走出去，帶著自己的使命，從樓頂一躍而下。
在逃亡的過程中，溫召的爸爸老南從外面打開了大門，主角團們有驚無險的逃出了球館。他們穿過工地，越過山就可以到達洋東市，開始了新的生活。在逃亡的過程中，宇進為了保護姊姊而被咬，南拉為了不讓已經變成喪屍的宇進攻擊大家，只好用力將他的頭扭斷。最後，倖存下來的學生們重建家園，開始了新的生活。