毛巾發臭通常是由於細菌滋生和繁殖所致。使用後的毛巾如果長時間處於潮濕環境中，如掛在陰暗、潮濕的衛生間，會為細菌提供理想的生長條件。這些細菌分解毛巾纖維，產生代謝產物，從而散發出難聞的異味。此外，毛巾在使用過程中會吸附汗水、皮脂和細菌等污垢，即使洗滌也可能有微小細菌殘留，這些細菌在潮濕環境下會滋生，導致異味。
毛巾的洗滌方式也會影響其氣味。不正確的洗滌方式，如使用不合適的洗衣液、水溫過高或過低，以及不充分的漂洗，都可能導致殘留物留在毛巾上，引發異味。毛巾的老化和磨損也會使其更容易吸附污垢和細菌，長時間使用而不更換的毛巾可能會變得乾硬並散發出汗臭味。
為了清潔有異味的毛巾，可以使用白醋清潔法或蒸煮清潔法。白醋具有殺菌消毒的效果，可以將毛巾浸泡在含有白醋的水中約15分鐘，然後徹底清洗並晾曬。蒸煮清潔則是將毛巾放入蒸鍋中，用熱水蒸煮幾分鐘，然後清洗並晾乾。
為了預防毛巾發臭，應確保毛巾在使用後充分晾乾，並定期清潔。同時，應注意衛生，避免一塊毛巾用於多種用途，如擦頭髮、擦身體和擦臉混合使用，這可能導致交叉感染和嚴重的異味問題。通常建議毛巾使用時間不應超過3個月，並應定期進行清潔和消毒。