氰基丙烯酸乙酯具有顯著的毒性，長時間接觸或暴露於這種物質可能會對中樞神經系統、心臟、肝臟、腎臟等造成損害。
氰基丙烯酸乙酯是一種易燃易爆的危險化學品，接觸皮膚或吸入其蒸氣可能引起頭痛、頭暈、咳嗽、喉嚨疼痛等毒性反應。長期吸入這種物質可能對中樞神經系統造成影響，並可能導致肝、腎、骨髓等部位的損傷。此外，氰基丙烯酸乙酯在遇熱時可能會分解出有毒的氮氧化物和氰化物煙霧，對環境造成危害。
在處理和使用氰基丙烯酸乙酯時，應採取適當的安全措施，如佩戴防護裝備，並在通風良好的環境下進行。如果不慎接觸皮膚或眼睛，應立即用大量清水清洗，並尋求醫療幫助。