水之石可以通過以下幾種方式獲得：
在108號水道的廢棄船內找到。
在海中的阿田市右邊大片水域找到藍碎片，然後與道谷市左邊的獵手小屋內的人交換。
在釀光市南沙灘、北三區沙灘地面通過閃光概率撿到。
在信使鳥商店購買，需要擁有3個徽章後纔會出現在商品列表中。
在曠野橋間空地的挖洞兄弟處概率獲得。
在超能道館旁邊的海上使用潛水艇並使用探知器尋找，或者在小島上與使用藍碎片的人交換。
在寶可夢究極綠寶石中，可以在124號水路撿拾到。
在8號道路（需要拉普拉斯學會游泳）獲得。
在怦怦度假地Lv.2閃耀寶石路線探險機率獲得，或者在中意道具路線探險機率獲得。
此外，水之石還可以讓特定寶可夢進化，例如蚊香君、大舌貝、海星星等。