水利管理站的職責主要包括：
水利設施、水域及其岸線的管理與保護。這包括制定相關政策、規劃並監督其實施。
水利工程運行管理。組織和協調重要水利工程的運行，確保水利工程的安全。
水利工程維修管護經費的使用監督。
河道管理範圍內建設項目的審查和施工許可。
水利工程安全管理工作。包括水庫大壩、水閘等水利工程的安全鑑定和註冊登記。
水資源的統一管理和監督。包括水資源調查評價、動態監測、規劃編制、水資源保護、配置和節約使用。
防汛抗旱工作。確保人民民眾的生命財產安全。
水政執法監督。維護正常的水事秩序，處理水事糾紛。
農村水利工作。組織協調農田水利基礎建設，人畜飲水、節水灌溉、鄉鎮供水。
這些職責旨在確保水利工程的正常運行，水資源的有效管理和保護，以及防災減災的能力。