水域功能是多方面的，主要包括調蓄洪水、供給水資源、保障水環境容量、維持良好生態、調節氣候以及發展航運、養殖、旅遊等。為了滿足水資源開發利用和節約保護的需求，水域被劃分為不同的功能區。水功能區劃採用兩級體系，一級區劃分為保護區、保留區、開發利用區、緩衝區四類，旨在從巨觀上調整水資源開發利用與保護的關係。二級區劃則是將一級區劃中的開發利用區細化為飲用水源區、工業用水區、農業用水區、漁業用水區、景觀娛樂用水區、過渡區、排污控制區七類，主要協調不同用水行業間的關係。
水功能區的劃分有助於確定各水域的主導功能及功能順序，制定水域功能不遭破壞的水資源保護目標，保障水資源的可持續利用。此外，水域功能的發揮還受到多種因素的影響，如氣候變化、人類活動等，因此需要依法管理水域，嚴格管控，發揮水域的綜合功能，改善水生態環境，推動水域面積穩中有增、水域功能逐步提升。