使用水宜生水杯的方法如下：
第一次使用前，需要對水杯進行清洗。打開水杯蓋，將開水倒入水杯內，上下震動並晃動杯體，然後倒掉，重複此過程直至倒出的水清澈為止。
日常使用時，可以倒入純淨水、礦泉水、冷開水或淨化過的水。冷水倒入後約三分鐘即可飲用，飲用前上下震動杯子；熱水（如自來水燒開後）倒入水杯中，自然冷卻到50度左右後飲用。
可以泡茶。將開水倒入水杯中，10分鐘後拿出泡茶；也可以將泡好的茶葉水倒入水杯中，5~10分鐘後飲用。若直接使用茶葉，需確保沒有茶葉末。
水杯中的功能杯芯根據水質不同可以處理1.5~2.0噸的水。使用壽命在3~4年（按2000ml/天/人計算），使用純淨水或礦泉水時壽命可能更長。到期後需更換功能芯。
定期檢驗水杯的功效。例如，使用50ml左右的純淨水，滴入1~2滴pH試劑，與比色板比較。若pH值大於8.0，則表明水杯功效正常。或者在一滴食用油上滴水，若油滴分散則表明有效。
定期清潔水杯。大約一個月左右使用檸檬酸或白醋清洗水杯一次。如果水質較硬，則可能需要半個月清洗一次。用白醋清洗時，倒入約五分之一的白醋，搖動30秒左右後倒出，重複此過程直至白色顆粒不明顯為止。