水封箱的工作原理主要基於水封的概念，即在管道或容器中保持一定高度的水層，利用水的靜壓來防止管道內的氣體或液體進入室內，或從室內逸出。具體到水封箱，其工作原理如下：
水封的作用：水封箱中的水層用於防止管道內的氣體（如臭氣、可燃氣體）和液體通過排水管道進入室內，保護室內環境不受污染。
水封高度的控制：水封的高度需要適當，既不能太高也不能太低。如果水封過高，可能會導致固體雜質沉積在存水彎底部，堵塞管道；如果水封過低，管內氣體可能會克服水封的靜水壓力，進入室內。
溢流管的設定：在水封箱中，溢流管用於控制水位。當上部水位控制器箱體中的水溢出時，通過溢流管進入下部水封箱體，水位上升至彎頭與水封箱體連線處出口的下沿。多餘的水將從側面彎頭溢出，而溢水管下口插入到液面下，被水封住，從而防止氣體從溢流管下口濺出。
綜上所述，水封箱的工作原理是通過維持適當高度的水層來防止管道內有害氣體的進入和液體的溢出，確保室內環境的衛生和安全。