水晶和玻璃具有不同的特性：
成分和結構。水晶主要由二氧化矽組成，可能含有其他微量元素，這是一種晶體，具有特定的晶體結構；玻璃的成分包括二氧化矽、氧化鈣、氧化鋁、氧化鎂、氧化鉀、氧化鈉等，是非晶體，沒有晶體結構，是通過將多種化學原料混合加熱熔融後冷卻而成的。
硬度。水晶的硬度較高（莫氏硬度約7），玻璃的硬度較低（莫氏硬度約5.5）。
密度和重量。水晶的密度較大，相同體積的水晶比玻璃重；玻璃的密度較小。
光澤和折光性。水晶具有較高的光澤度和折光率，能形成明顯的雙折射現象；玻璃的光澤度和折光率較低，雙折射現象不明顯。
製作工藝。水晶是天然礦物，需要經過開採、打磨、拋光等工藝製成；玻璃是通過高溫熔融後迅速冷卻製成的。
物理特性。水晶的導熱性強，傳熱快，能與體溫迅速同步；玻璃的導熱性相對較差。
聲音。輕輕敲擊水晶能發出清脆的金屬聲響，伴有餘音；普通玻璃器皿聲音較為沉悶。
價格。由於製作過程和設計更為複雜，水晶通常比普通玻璃昂貴。
光學性質。水晶屬於一軸晶正光性，折光率在1.544到1.553之間；玻璃的折光率在1.40左右。
這些差異使得水晶和玻璃在外觀、感覺和用途上都有明顯的區別。